Situado en la comarca del Arlanza, en la pequeña población de Santo Domingo de Silos, el Monasterio benedictino de Santo Domingo de Silos tiene probablemente sus orígenes a finales del siglo IX o principios del siglo X, momento en que tienen origen los principales cenobios del área, y probablemente lo fuera por monjes mozárabes provenientes del sur de la Península.
En aquella época Silos sería un pequeño cenobio rural erigido en honor a San Sebastián. Ante la casi total inexistencia de documentos silenses del siglo X, se especula con que el primitivo monasterio debió de ser destruido por alguna de las campañas de Almanzor.
Fue en el año 1041 cuando el rey castellano Fernando I encomendó al ex prior de San Millán de la Cogolla, que había sido expulsado de Navarra por el rey García (hermano de Fernando), la restauración del monasterio de San Sebastián de Silos. Domingo Manso fue capaz, durante sus 32 años de abadiato, de sanear la maltrecha economía silense, restablecer el cumplimiento de la disciplina monástica y restaurar las dependencias monacales, incluida la iglesia y comenzar la edificación del claustro románico.
Su tumba fue durante siglos un importante centro de peregrinación y culto, actividad que aportaría abundantes recursos a la abadía en forma de limosnas. A la muerte del Santo en el 1073, y hasta el 1121, el monasterio continuará con su expansión económica de la mano del abad Fortunio, permitiendo concluir su renovación.
En el corto espacio de un siglo, de 1076 a 1171, cinco monarcas castellanos y otros tantos señores feudales, Rodrigo Díaz de Vivar entre ellos, entregaron a Silos el 60 por ciento de todos los recursos que disfrutó la abadía, obteniendo de esta manera para su señorío el control sobre 58 villas, 40 centros de culto, 17 heredades y 16 propiedades.
Roma concedió a la abadía en 1118 la mención del prelado diocesano, por estar en una zona fronteriza entre la la diócesis de Osma y Burgos, lo que permitió que se administrara en solitario con total autonomía de los obispos.
El claustro románico de Silos, es y ha sido siempre el centro de la vida de la comunidad monástica. Hacia él convergen y de él parten los otros edificios del monasterio y todas las actividades del monje: al Norte la iglesia, donde se ora en común o en privado. Al Este se encontraba en la Edad Media la sala capitular, que servía para las reuniones de la comunidad, y el scriptorium, donde se copiaban con paciencia y arte los manuscritos silenses. Al Sur se hallaban la cocina y el comedor, en el primer nivel, y el dormitorio en el segundo. Al Oeste estaba la hospedería, también de dos pisos.
El claustro es el lugar a propósito para la contemplación "física", para pasear y para descansar. Por eso, el claustro, además de centro convergente por su ubicación en el monasterio, tenía que ser bello, adornado con las manos mágicas del artista, del arquitecto, del escultor y del jardinero. En Silos, esto se ha logrado de una manera prodigiosa.
Cabe destacar la importancia de la escultura de sus capiteles, compuestos de elementos decorativos vegetales y animales, y los ocho relieves en los machones angulares, de temática bíblica: la Ascensión, la venida del Espíritu Santo, sepultura y resurrección, descendimiento de la Cruz, la Asunción de María y el Árbol de Jessé. El artesonado mudéjar del siglo XIV puso el remate a esta gran obra.
La iglesia, levantada aprovechando parte de un templo mozárabe del siglo X, fue sustituida en el XVIII por la actual, de corte neoclásico, obra de Pedro Machuca, sobre planos de Ventura Rodríguez. Del antiguo templo románico se conserva la portada meridional del crucero, 'Puerta de las Virgenes', con capiteles de comienzos del siglo XII.
El monasterio también alberga una botica fundada en 1705, un museo en el que se exhiben interesantes piezas del medievo y una biblioteca que suma más de cien mil volúmenes, muchos de un valor incalculable. Silos es el único monasterio de España en el que los monjes hacen sus plegarias, oraciones y oficios completamente en gregoriano. El 'canto llano' del Medievo.