Juan es un agente que trabaja para una unidad especial del Centro Nacional de Inteligencia que, en principio, están encargados de investigar las redes de contrabandistas de materiales peligrosos. Es decir, velar por la seguridad nacional y salvaguardar la imagen de la patria. Pero cuando tiene otros encargos "no oficiales", Juan empieza a tener serias dudas sobre la ética de lo que está haciendo y su legalidad.
Con "Código Emperador", el director Jorge Coira se adentra en las mecánicas del poder en la sombra, cuando se manipulan el entorno político y social para fines espurios. Según él es una imagen reconocible de la España reciente "En los últimos años han empezado a salir con cierta frecuencia noticias sobre esos mundos oscuros, las denominadas "cloacas del Estado".
Bien hilada pero complicada argumentalmente en algunos momentos, porque cruza varias subtramas desde la de un famoso jugador de fútbol de "mano ligera" hasta la del político de imagen mediocre al que los servicios secretos investigan, no ayuda a su clarificación tampoco el montaje, algo atropellado. No obstante, a pesar de ello, es un largometraje de ritmo ágil, que provoca interés cuando contemplamos los mecanismos para proteger a determinados personajes públicos de vidas no muy gratificantes o las trampas que se pueden poner a élites importantes para tenerlos atrapados y poder manipularlos en un momento dado. Para entendernos, como en la célebre frase de Hamlet, de William Shakespeare, "algo huele a podrido…"
Un buen reparto, encabezado por Luis Tosar, defiende sin problemas sus respectivos papeles, a destacar la presencia del veterano Miguel Rellán, interpretando al sinuoso jefe del agente, y a María Botto, en un papel bombón encarnando a una periodista que aparentemente busca la verdad y tiene como fuente al personaje que interpreta Tosar.