Francisco nació en 1506, en el castillo de Javier en Navarra, cerca de Pamplona, España. Era el benjamín de la familia. A los dieciocho años fue a estudiar a la Universidad de París, en el colegio de Santa Bárbara, donde en 1528, obtuvo el grado de licenciado. Dios estaba preparando grandes cosas, por lo que dispuso que Francisco Javier tuviese como compañero de la pensión a Pedro Favre, que sería como él jesuita y luego beato, también providencialmente conoció a un extraño estudiante llamado Ignacio de Loyola, ya bastante mayor que sus compañeros. Al principio Francisco rehusó la influencia de Ignacio el cual le repetía la frase de Jesucristo: "¿De qué le sirve a un hombre ganar el mundo entero, si se pierde a sí mismo?".
Este pensamiento al principio le parecía fastidioso y contrario a sus aspiraciones, pero poco a poco fue calando y retando su orgullo y vanidad. Por fin San Ignacio logró que Francisco se apartara un tiempo para hacer un retiro especial que el mismo Ignacio había desarrollado basado en su propia lucha por la santidad. Se trata de los "Ejercicios Espirituales". Francisco fue guiado por Ignacio en aquellos días de profundo combate espiritual y quedó profundamente transformado por la gracia de Dios. Comprendió las palabras que Ignacio: "Un corazón tan grande y un alma tan noble no pueden contentarse con los efímeros honores terrenos. Tu ambición debe ser la gloria que dura eternamente".
Llegó a ser uno de los siete primeros seguidores de San Ignacio, fundador de los jesuitas, consagrándose al servicio de Dios en Montmatre, en 1534. Hicieron voto de absoluta pobreza, y resolvieron ir a Tierra Santa para comenzar desde allí su obra misionera, poniéndose en todo caso a la total dependencia del Papa. Junto con ellos recibió la ordenación sacerdotal en Venecia, tres años más tarde, y con ellos compartió las vicisitudes de la naciente Compañía. Abandonado el proyecto de la Tierra Santa, emprendieron camino hacia Roma, en donde Francisco colaboró con Ignacio en la redacción de las Constituciones de la Compañía de Jesús. Bien dice el Libro del Eclesiástico: "
Encontrar un buen amigo es como encontrarse un gran tesoro".
Encontrar un buen amigo es como encontrarse un gran tesoro".