Desde la finalización de las obras en 1430 hasta su desaparición en el siglo XIX, el convento desempeñó un importante papel en la economía y en la política. Entre esos muros se vivieron momentos históricos de gran trascendencia, como la reunión de teólogos y juristas que elaboraron las Leyes de Burgos.
Los siglos XIX y XX fueron catastróficos para el solar. El convento, afectado por la invasión napoleónica, las guerras carlistas y la desamortización, acabó desapareciendo y, sobre sus ruinas, se levantó un cuartel de caballería que se derribó en 1976. Durante 30 años el espacio se usó como aparcamiento.
En el año 2000 el solar, de propiedad municipal, volvió a la vida cuando el entonces alcalde, Ángel Olivares, planteó edificar en él un Complejo, formado por tres edificios, dedicado fundamentalmente a la Evolución Humana. Recibió el apoyo de la Junta de Castilla y León, presidida por el también burgalés Juan Vicente Herrera, que aportó la financiación para la construcción tanto del CENIEH como del MEH y del Fórum.
El 13 de julio de 2010, el MEH fue inaugurado por la reina Sofía. Así mismo, fue comisariado por Juan Luis Arsuaga y Marta Negro.
La exposición permanecerá abierta hasta el 31 de diciembre.
